Das Fenster der Barmherzigkeit stammt aus der alten Hauptkirche St. Nikolai. 1939 wurden die Fenster ausgebaut und in den Katakomben von St. Michaelis eingelagert. Jahre später wurden sie wiederentdeckt und von Mitgliedern der Glaserinnung restauriert. Der Kirchenvorstand der „neuen“ Hauptkirche St. Nikolai hat der Franz von Assisi-Kirche das alte Fenster zur Verfügung gestellt. Diese Art der Fenster erzählte in einer Zeit, als nur wenige Menschen lesen konnten, von den biblischen Geschichten und Gestalten. Und sie tauchen Kirchen in ein warmes Licht, das uns einlädt zu verweilen. Wenn die Sonne hindurch scheint, wirft das Glas bunte Lichter auf den Fußboden und die Gestalten leuchten auf. Je nachdem werden andere Details des Fensters „ins Licht gerückt“. Ganz oben sind verzierte Kirchentürme zu sehen. Sie streben dem Himmel entgegen und weiten unseren Blick. Von dort wachen Engel über die Menschen und zeigen, dass wir von guten Mächten begleitet werden. Der Engel links oben hält ein Spruchband: Bittet, so wird euch gegeben; suchet, so werdet ihr finden; klopfet an, so wird euch aufgetan. (Matthäus 7,7).
In der Mitte links nähern sich ein Mann und eine Frau Jesus (rechts). Er streckt ihnen die Hand entgegen. Die Tür im Hintergrund ist offen (der Schlüssel steckt noch), der Weg zu Gott ist frei. Es scheint, als würde der Engel im Hintergrund darauf aufpassen, dass die Tür auch ja offen bleibt.
Im Fenster unten rechts hält ein Engel den Bibelvers: „Kommt her zu mir alle, die ihr mühselig und beladen seid, ich will euch erquicken. Nehmet auf euch mein Joch und lernet von mir, denn ich bin sanftmütig und von Herzen demütig. So werdet ihr Ruhe finden für eure Seelen.“ (Matthäus 11, 28-30). Unten links ist das Wappen des Ehepaars Paul zu sehen, die das Fenster 1884 stifteten.